No ano 711 depois de Cristo, exércitos árabes chegaram ao Sul de Espanha vindos do Norte de África e deram início à invasão muçulmana da Península Ibérica. Nos anos seguintes, estes exércitos derrotaram os povos Germânicos que ocupavam esta região, estabelecendo assim um domínio árabe que se manteve durante vários séculos.
No entanto, a Norte da Península Ibérica, a presença muçulmana sempre foi fraca, estando sujeita ao ataque ocasional de exércitos cristãos provenientes das Astúrias. Neste cenário de instabilidade, as escassas populações humanas preferiam fixar-se a maior altitude e em povoados fortificados (os antigos castros da Idade do Ferro). Nessa altura, as pessoas deixaram a agricultura um pouco de lado e preferiram a criação de gado, a caça e a recoleção. A floresta pôde recuperar.
No Centro e Sul do território português, o domínio muçulmano foi mais efectivo, havendo uma expansão das atividades agro-pastoris, um desenvolvimento da agricultura e um aumento da extração de madeira, usada para a construção de barcos.
Durante o domínio muçulmano, os animais domésticos mais consumidos eram a ovelha e a cabra, descobriu um estudo realizado em Silves (Algarve). Nessa altura quase ninguém comia porco, o que será explicado pelas restrições religiosas neste período. Quanto a animais selvagens, foi registado o consumo de coelho, lebre, veado e baleia, bem como diversas espécies de aves, peixes e moluscos.
No século XI deu-se início à Reconquista Cristã, com um alargamento progressivo do domínio cristão de norte para sul da Península Ibérica a partir das Astúrias. As fronteiras do atual território português ficaram praticamente estabelecidas nos finais do século XII, havendo depois disso um período de relativa estabilidade política. A população aumentou, fundaram-se novos povoados e a agro-pastorícia desenvolveu-se, o que é coincidente com o início de um período de clima mais quente (Período Quente Medieval). Neste cenário, e também graças a um uso intensivo de madeira, a floresta registou uma regressão acentuada.
Houve, no entanto, algumas iniciativas de proteção da floresta impostas por ordens religiosas e militares e por nobres. Durante este período, há também registos da exportação de madeira de Portugal para outros países europeus.
É curioso notar em documentos históricos relativos ao século XII e XIII as disputas frequentes por terras agrícolas, o que motivou a ocupação de áreas marginais e um aumento da erosão do solo.
Nas zonas montanhosas, a ocupação humana foi provavelmente mais escassa. As atividades estavam mais focadas na criação de gado, caça e recoleção. Por exemplo, várias aldeias das montanhas da Peneda-Gerês tinham a obrigação de pagar como tributo ao rei grandes quantidades de bolotas, castanhas e porcos, o que indica que existiam áreas significativas de carvalhos e castanheiros nesta área. A caça também era mais frequente nestas zonas, sendo o javali, o coelho-selvagem, o veado, o urso-pardo e o lobo bastante referidos em documentos do século XIII.
Num processo semelhante ao que aconteceu noutros países europeus, o crescimento populacional dos séculos XII e XIII tornou-se insustentável relativamente aos recursos existentes, o que resultou na escassez de alimento, em doença e morte. Assim, o período entre meados do século XIV e o século XV carateriza-se pela proliferação da Peste Negra e a redução da produção agrícola no nosso país, o que resultou numa grave crise demográfica, conflitos e convulsões sociais.
A insuficiência de madeira no século XV é bastante evidente nos documentos históricos, havendo queixas constantes do corte indevido de árvores e a implementação de leis para manter a floresta e/ou regular a sua exploração como a criação de guardas florestais e a obrigação de plantar árvores.
Com os Descobrimentos Portugueses, houve um grande desenvolvimento da construção naval, passando a haver importação de madeira de outros países europeus pela carência de produção nacional.
Registou-se, ainda, uma maior escassez da fauna cinegética e muitos conflitos em torno deste recurso, com mais medidas para a conservação destas espécies. No entanto, estas medidas não foram suficientes para impedir a extinção em Portugal do castor euroasiático, que era muito caçado pela sua pele, carne e secreções glandulares e que terá desaparecido entre os séculos XV e XVI.
